La Hermandad se constituye en 1958; Hoy día se conserva un acta con la primigenia Junta de Gobierno. Con el paso del tiempo cae en declive hasta que en 2005, un grupo de devotos que participaron en la Peregrinación a Fátima de aquel año acuerdan, con el beneplácito del entonces Párroco de Fátima, reorganizarla.Tras la aprobación de los Estatutos y de la Junta de Gobierno por parte de la Autoridad Eclesiástica, celebrado Cabildo de Elecciones en el mes de abril y habiéndose aprobada por el Obispado la nueva Junta de Gobierno, esta Jura y Toma Posesión el 12 de mayo, víspera de la Solemnidad de Nuestra Señora, dentro del Triduo que tanto la Hermandad como la Parroquia celebró en su honor.

En un principio la imagen de Ntra. Sra. de Fátima, que hasta hace no mucho se encontraba en la parroquia del Santo Cristo de la Salud, iba ser destinada para la parroquia de Ntra. Sra. de Fátima, erigida en el año 1956 por el entonces obispo de Málaga D. Ángel herrera y Oria. El templo no recibió la bendición hasta 1961 y la imagen sería la Titular del mismo, pero siendo de pequeña estatura para el camarín que se encuentra en el presbiterio, se decidió adquirir una de tamaño más grande.

En 1960 se produce la compra de una imagen de mayor tamaño, escultura de bulto redondo en madera policromada realizada en Sevilla. Esta imagen fue traída a la parroquia de Fátima por D. Luis Siles y D. Luis Aro entre otros hermanos que en aquellos años componía la Hermandad, quedando esta imagen para el camarín de  la parroquia.

Al reorganizarse la Hermandad en 2011 y conociéndose que se iban a efectuar obras en la parroquia del Santo Cristo de la Salud, al no disponer de una Imagen Titular, la hermandad expresó su deseo de que dicha Imagen de Nuestra Señora de Fátima le fuera entregada para su culto y custodia. Esta imagen de la Virgen de Fátima vino en su día a Málaga en el año 1948 desde del Santuario de Fátima, presidiendo los actos en la época del entonces Obispo Don Ángel Herrera Oria para conmemorar las Apariciones de Fátima.

Finalmente se hizo la petición a Don Francisco Aranda, Delegado Diocesano de Hermandades y Cofradías, junto a la parroquia del Cristo de la Salud, con la autorización y el visto bueno del Director Espiritual y párroco de Fátima en 2011.

Sábado, 1 de octubre de 2005: Se informa a la Autoridad Eclesiástica de que se está creando un grupo de fieles con el fin de fomentar el culto a la virgen de Fátima.

13 de octubre de 2005: Se invita a los cultos que en honor de la Virgen de Fátima se van a celebrar en esta parroquia con motivo de la conmemoración de las apariciones de Nuestra Señora.

25 de febrero de 2006: Bajo la presidencia de Don Salvador Silva Infante, se formaliza el grupo dando lugar a la primera acta. Se nombra una directiva.

6 de mayo de 2006: Primera imposición de medallas a los hermanos.

6 de octubre de 2011: Aprobación de la Junta de Gobierno de la Hermandad de Nuestra Señora de Fátima por el Vicario General, Rvdo. D. Alfonso Fernández Casamayor Palacio, siendo Secretario General-Canciller el Rvdo. D. Francisco García Villalobos.

23 de mayo de 2011: Petición de la Imagen de la Virgen de Fátima venida a Málaga desde Portugal en 1948 y que se encontraba en la parroquia del Santo Cristo de la Salud.

12 de agosto de 2014: La Junta de Gobierno de esta Hermandad, con el Visto Bueno del Cabildo General, reunido en Sesión Ordinaria el pasado 7 de junio de 2014, solicita el ingreso de la misma en la Agrupación de Glorias de Málaga.

13 de mayo de 2015: La hermandad estrena un nuevo trono de Cristóbal Martos.

22 de octubre de 2017: Ntra. Sra. de Fátima preside el Rosario de las Glorias.

La Hermandad posee unas reliquias de Santa Jacinta Marto y San Francisco Marto que son expuestas a la veneración de los fieles cada primer sábado de mes tras la Misa Mensual de Estatutos.

La Banda de Cornetas y Tambores del Real Cuerpo de Bomberos de Málaga es Hermana Mayor Honoraria de la Hermandad.