La devoción a la Divina Pastora de las Almas surge en la ciudad de Málaga gracias a la presencia de los frailes capuchinos, a los pocos años de su eclosión en Sevilla de la mano de fray Isidoro, en 1703.

La fundación de la Congregación fue una iniciativa del gran apóstol de la Divina Pastora, el beato Fray Diego José de Cádiz, en la segunda mitad del siglo XVIII. Un manuscrito que se conservan en el Archivo de la Provincia Capuchina de Andalucía, con sede en Sevilla, revela que esta fundación tuvo lugar tras la Cuaresma del año 1771. No obstante, la presencia en Málaga de la imagen de la Divina Pastora es anterior. El vestigio documental más antiguo hallado que atestigua su presencia en el antiguo convento capuchino de la capital malagueña data de 1741.

La invasión de los franceses a principios del siglo XIX y la expulsión de los frailes capuchinos pocos años después, con la Desamortización, no merma el culto a la Virgen y a mediados de esa centuria, se relanzó la Congregación y la organización de la Solemne Novena.

El beato Marcelo Spínola y Maestre fue un gran impulsor de la devoción pastoreña durante su etapa de obispo de Málaga, a finales del siglo XIX, época en la que miembros de la familia Grund, una de las más destacadas de la ciudad, se hace cargo del cuidado de la imagen. En el año 1906 se aprobaron nuevos Estatutos para la Congregación de la Divina Pastora de Málaga. Además, perduran documentos sobre la novena en ese año y anteriores. En 1920, llegó a predicarla el padre Tiburcio Arnaiz.

Durante la República, hubo un intento por parte de la milicia de demoler la iglesia pero, según las crónicas, los republicanos del barrio de Capuchinos se opusieron porque dentro estaba su Patrona.

Durante la Guerra Civil se interrumpen las manifestaciones religiosas en honor de la Pastora malagueña, pero se conserva su talla, al instalarse junto al templo un hospital militar. La Orden Tercera de San Francisco retomó de forma modesta el culto a la Divina Pastora hasta que la Congregación fue reorganizada en el año 1948, de la mano de Don José Claros López, que fue nombrado Hermano Mayor perpetuo.

Este breve repaso histórico confirma que la devoción a la Divina Pastora de las Almas ha permanecido prácticamente inalterable desde mediados del siglo XVIII en el barrio de Capuchinos, del que es Patrona y Protectora. También, Titular principal de su parroquia y Patrona del Deporte, lo que ha fomentado en las últimas décadas la relación de su Congregación con diferentes entidades deportivas de la ciudad, en especial con el Málaga Club de Fútbol. Es deseo de la Congregación poder alcanzar algún día el anhelo de la Coronación Canónica para la imagen, una aspiración alentada especialmente por sus devotos a raíz del regreso a la parroquia tras las obras de rehabilitación del templo. Tras las gestiones realizadas ante la delegación de Hermandades y Cofradías del Obispado, este sueño parece más cerca después de ser aprobado por el Obispado de Málaga el inicio del expediente en un escrito fechado el 30 de octubre de 2019.